Почвы

На территории заказника залегают такие же виды почв, как и на территории заповедника, а именно дерново (серогумусовые) типичные, буроземы грубогумусированные, буроземы темные типичные, буроземы типичные, торфяно-глееземы типичные. Кроме данного вида почв встречаются так же почвы, свойственные только для территории заказника, это: буроземы темные глееватые, глееземы перегнойные, перегнойно-гумусовые глеевые, перегнойно-темногумусовые потечно-гумусовые, торфяные эутрофные.
1) Буроземы темные глееватые почвы распространены в тех местах, где затруднен искусственный дренаж, поэтому, под верхним темногумусовым горизонтом залегает иллювиально-метаморфический, в той или иной степени оглееный горизонт. Признаки глееватости отражаются и в почвообразующей породе.
2) Глееземы перегнойные диагностируются по наличию прослойки перегнойного материала в нижней части подстилочно-торфяного горизонта. Они характерны для гумидной тундры, где занимают наиболее дренированные позиции рельефа.
3) Перегнойно-гумусовые глеевые диагностируются по наличию перегнойного, темногумусового и глеевого горизонтов. Перегнойный горизонт темно-серого цвета, мажущийся, с искряно-комковатой структурой. Его мощность может превышать 30 см. Постепенно он переходит в менее мощный темногумусовый горизонт с непрочной комковатой структурой, с ржавыми пятнами и органо-железистыми конкрециями, свидетельствующими о переменных условиях аэрации. Под темногумусовым залегает глеевый бесструктурный горизонт грязно-серого цвета, верхняя часть которого отличается неоднородной окраской из-за темных потеков гумуса. Почвы формируются при поверхностном и грунтовом переувлажнении с длительным стоянием капиллярной каймы у поверхности и периодическим затоплением. Они распространены в понижениях на плоских равнинах и речных террасах под лугово-болотной и болотной растительностью. Грунтовые воды разной минерализации находятся на глубине 1-1,5 м.
4) Перегнойно-темногумусовые пототечно-гумусовые диагностируются по наличию темно-серого или черного перегнойно-темногумусового горизонта с непрочной комковатой или комковато-крупитчатой структурой. Мощность его обычно не более 30 см. Материал горизонта не содержит полностью гумифицированных растительнгых остатков. Содержание гумуса колеблется от 10-12 до 20-25%. В его составе соотношение гуминовых и фульвокислот варьирует в широком диапазоне. Ниже его расположен горизонт, переходящий в рыхлую почвообразующую породу.
5) Торфяные эутрофные характеризуются залегающим под очесом мхов м остатками травянистой растительности (мощность 10-20 см) эутрофно-торфяным горизонтом бурого цвета мощностью до 50 см. Степень разложенности торфа не превышает 50%, но, как правило, она выше, чем в олиготрофно-торфяной толще темно-коричневого цвета. В случае, когда в профиле вскрывается минеральная глеевая толща, ее верхняя часть прокрашена потечным органическим веществом в сихо-серые или темно-серые тона, а нижняя представлена светло-оливковым или голубовато-сизым глеем. Реакция почв варьирует от кислой до нейтральной, зольность колеблется от 6 до 18%, емкость поглощения от 100 до 2000 мг-экв. Поглощающий комплекс может быть полностью насыщен основаниями. Содержание органического вещества более 35%, степень его разложения очень высокая, содержание азота 1,5-4%. Почвы формируются в понижениях на водораздельных равнинах, речных террасах и других элементах рельефа, где обеспечен приток в той или иной степени минеральных грунтовых вод. Эутрофная растительность представлена зарослями ольхи, сырыми лугами или болотами с осоками, тростниками, гипновыми мхами. В профиле может наблюдаться льдистая мерзлота.

Воды

Крупных рек и озер на Шикотане нет, есть множество небольших горных ручьев. Имеется несколько небольших водопадов. Питание ручьев смешанное, хорошо выражено летнее половодье и дождевые паводки. Гидрологическая сеть развита слабо. К основным гидрологическим объектам относится река Горобец и река Островная